El trabajo de la Convención Bautista del Sur comenzó en está área en la casa de la familia J.C. Forman, de Empire, en 1908. El Rev. J.H. Sobey fue el primer pastor, y después, la Junta Misionera de la Convención Bautista del Sur mandó al Reverendo J.H. Coin y Sra, de Georgia, para tomar el trabajo.
Durante los días de Construcción del Canal, la Compañía del Canal de Panamá combinó capillas y pabellones en diez campamentos de construcción. Estos fueron hechos disponibles para cultos, escuela dominical y otras actividades cristianas. La Junta Misionera edificó una pequeña capilla de madera y una casa pastoral en Gorgona mientras la Familia Coin estaba aquí.
La Familia Coin volvió a los Estados Unidos , después de estar en Panamá seis meses. El Rev. Stephen Witt tomó el trabajo hasta que llegó el Rev. J.L. Wise. Después, el pueblo de Gorgona fue destruido para que el Lago Gatún pudiera ser hecho en ese sitio.
El Dr. Wise llegó al Istmo de Panamá procedente del estado de Louisiana en 1905 y fue empleado como capellán por la comisión del Canal hasta 1917.
Cuando el Canal se completó, el pueblo de Gorgona fue abandonado y la población fue mudada a los nuevos pueblos de Balboa y Altos de Balboa; la última siendo la ciudad administrativa de la Zona del Canal. La casa pastoral fue destruida y reconstruida en el sitio donde está ahora en el Boulevard Ancón.
Una escuela dominical de aproximadamente cincuenta miembros fue organizada en la casa pastoral y en un año creció hasta tener ciento treinta miembros. Una iglesia fue organizada y la Junta Misionera autorizó al Dr. Wise a construir un templo. Después de consultar con el Dr. D.F. Reeder, el honorable William J. Price (en ese tiempo ministro de los Estados Unidos a Panamá) y otros, fueron aprobados los planos para la estructura que tenemos actualmente. El Doctor Wise supervisó la construcción del edificio y ahorró a la Junta Misionera varios miles de dólares. El edificio fue completado en 1916. Su auditorio fue reconocido por sus excelentes efectos acústicos
Fue bajo el liderazgo del Rev. Carpenter que la Escuela Dominical fue organizada y que la Iglesia inició su gestión económica. Posteriormente, la Iglesia fue ayudada por la Junta de Misiones. En ese tiempo, se dejó de pasar el platillo de ofrendas, y cajas para contribuciones voluntarias fueron colocadas cerca de la puerta.
La Iglesia continuó creciendo y durante el año 1941, no sólo tenia un programa regular, pero también tenia solvencia
financiera, por lo que tomó la responsabilidad de apoyar los programas misioneros en Panamá y fuera del país.
El 14 de octubre de 2007, bajo la dirección del Rev. Andy de la Cruz, se inicia el proceso de reforma y un fuerte llamado a regresar a las doctrinas Bíblicas históricas y a defender y guardar la Confesión de Fe Bautista de Londres de 1689. La Gracia y la Misericordia de Nuestro Dios han guardado a esta histórica Iglesia y una vez más nuestro Dios nos muestra el regreso a la sendas antiguas de la fe y las Santas Enseñanzas de la Bíblia, hasta que el Señor de la Iglesia regrese a buscar a su Grey.