El trabajo inicial de la Convención Bautista del Sur en el área comenzó en 1908 en la casa de la familia J.C. Forman en Empire. El Rev. J.H. Sobey fue el primer pastor, seguido por el Rev. J.H. Coin y su esposa, quienes fueron enviados por la Junta de Misiones de la Convención Bautista del Sur. Durante la construcción del Canal de Panamá, la Compañía del Canal de Panamá proporcionó capillas y pabellones para actividades cristianas. Se construyeron una pequeña capilla de madera y una casa pastoral en Gorgona, pero la ciudad fue destruida posteriormente para crear el Lago Gatún. La iglesia luego se trasladó a Balboa y Altos de Balboa, donde se construyó una nueva casa pastoral en el Boulevard Ancón. Una escuela dominical, inicialmente con unos cincuenta miembros, creció a 130 miembros en un año. Este crecimiento llevó a la organización de una iglesia y la construcción del templo actual, completado en 1916, conocido por su excelente acústica.

Reformada y Confesional

"Y también todos los que quieran vivir piadosamente en Cristo Jesús padecerán persecución."(2 Timoteo 3:12)

La historia reciente de la Primera Iglesia Bautista de Balboa comenzó el 14 de octubre de 2007, marcada por una crisis que llevó a una renovación de la predicación y enseñanza basada en doctrinas y confesiones bíblicas históricas, como la Confesión Bautista de Londres de 1689 y la Confesión de Fe de Westminster. Algunos miembros se fueron durante este período, pero la iglesia se fortaleció y adoptó estatutos reformados oficialmente registrados en mayo de 2009.